מושב שפר הוקם ככפר עבודה עבור עולים מתימן, ניטש כעבור שנים אחדות ואוכלס מחדש בשנות ה-60 בעולים מצפון אפריקה.
כיום האוכלוסיה במקום מעורבת.
המקווה במושב היה מיושן ביותר ובימים אלה החל השיפוץ במקום. לאחר האסון הנורא במירון, הוחלט להקדיש את שיפוץ המקווה, שהינו סמוך למושב מירון, להנצחת 45 הקדושים שנהרגו בל"ג בעומר תשפ"א.